太子太師就是皇太子的老師，林毅不可能放下兵馬到京師，給崇禎皇帝的兒子當老師，教他習文練武，教他為人處事，教他怎樣當太子，顯然這是一個虛銜兒。
因為聖旨上寫的非常明白，林毅雖然被加封為太子太師，但是仍然是總兵，總兵就是帶兵打仗，這是他的本職工作，而不是去京師交什麼太子，就是崇禎皇帝讓他去，他也不願意幹這樣的活兒，因此這至多是應一個虛名而已。
崇禎皇帝之所以下這一道旨意，顯然是為了抬舉林毅，為了證明皇恩浩『蕩』。
雖然是個虛銜兒，但是能給皇上的兒子當一回老師，儘管是名義上的，也是一種無上的榮寵，太子太師位居三公（三孤）之列，位極人臣，其尊貴規程度自不必說。
因此林毅非常高興，接旨之後，司禮監秉筆王承恩，閣部大人楊嗣昌等人立即向林毅表示祝賀，並且口稱太師了。
傳完旨意之後，王承恩走了。
收拾完了李自成，接下來當然應該收拾張獻忠了，楊嗣昌就想讓林毅入川作戰。
林毅提出要就地休整兵馬，眼下也入冬了，四川的張獻忠連吃敗仗，鄭崇儉和丁啟睿率領的官軍也佔上風。天子龍顏大悅他，因此這位楊閣部不也不著急了，准許林毅就地休整兵馬。
從這一天開始，李自成的人馬就住在南陽城外，開始整頓練兵，又收編了李自成的幾百人馬。林毅練他的大刀，各營人馬開展大練兵。
這不是林毅第一次練兵了，手下的將領輕車熟路，按照林毅的練兵套路，如火如荼的開展。
這一練就是三個月，也就是164o年的整個冬季，到了1641年開春的時候，大明朝的形勢生了重大變化，或者說叫惡化。
先是張獻忠開始逆轉了。鄭崇儉和丁啟睿之所以能夠打勝仗，主要依仗兩個人，就是左良玉和賀人龍。但是這兩個人的人品實在不怎麼樣，都是利慾薰心，無利不起早的人。
同樣是剿匪的功臣，他們看到林毅一路升官財，而他們只得到崇禎的一個口頭升賞承諾，此前楊嗣昌和鄭崇儉答應給他們的什麼平賊大將軍的職銜也落空了。
因此這兩個人心懷不滿，開始不好好幹了。左良玉圓滑，賀人龍囂張，他們的不滿被張獻忠的探子的覺並告訴了張獻忠。
張獻忠很會用兵，立即就感覺到屬於他的春天來了。
他跟李自成不愧是齊名的絕代梟雄，二人不但同歲，而且是同鄉，戰鬥經歷也大致相同，現在連用兵方法也大體相同了。
李自成能想到的招數，張獻忠自然也能想到，他立馬就用李自成用過這一招來對付左良玉與賀人龍，那就是用金銀賄賂使用反間計，這一招在南陽城外，李自成就對林毅用過。
但是李自成失敗了，張獻忠卻勝利了，因為左良玉和賀人龍畢竟不是林毅。
結果左良玉與賀人龍，開始對鄭崇儉陽奉陰違了，楊嗣昌的命令更是不聽，這就相當於對抗朝廷。但他們也不是大張旗鼓的對抗，那就是造反了，而是按兵不動，懷私觀望，找各種理由搪塞。
這一下讓張獻忠反過手來了，先是四川巡撫邵婕春兵敗，累及忠貞侯秦良玉也吃了敗仗，神弩將張令戰死，官軍一敗塗地，被張獻忠牽著鼻子在大山中跑。
此時鄭崇儉也有些粗心大意，認為這張獻忠覆亡是個時間問題，沒想到他又崛起了，一看趕緊調集兵力圍追堵截，但是左良玉和賀人龍不給他賣力了。
因此官軍連吃敗仗，張獻忠節節勝利。一下子就打破了官軍的封鎖，到了1641年正月，這位八大王又殺出四川，跑到湖北折騰去了，而且得到了在湖廣折騰的老回回革左五營的支援，後來馬守應等人乾脆投降了張獻忠，幾大股巨匪合在了一塊，聲勢浩大，勢如破竹，兵鋒直指鄂中，連克當陽、襄陽、樊城、鄖陽等湖北重鎮，威脅到了隨州。
大明朝野再次震動，四川湖北一帶的地方官告急的文書，像雪片一樣飛到了京師。
這時官外的遼東戰場也傳來了失利的訊息，清軍兩路大軍猛攻錦州，錦州城外的松山塔山和杏山，相繼失陷。然後寧遠城也收到了攻擊，錦州被困，寧遠告急。
然後朝中的言官御史開始相互彈劾攻擊，主要是東林黨人，太監們也不甘寂寞，以提督東廠的大太監曹化淳為，與東林黨人，縱橫捭闔，吵鬧得朝野上下烏煙瘴氣，但是就是沒有幹實事的。
崇禎皇上氣得把龍書案拍得啪啪山響，對高起潛和洪承疇，嚴旨切責，兩個人也害怕了，糾集了八鎮總兵，一共13萬大軍開到了寧錦一帶，與皇太極決一死戰，以解錦州和寧遠之危。
然後崇禎皇上又給楊嗣昌和鄭崇儉、傅宗龍下了死命令，你們三個總督，掛著兵部尚書的銜，拿著朕的尚方寶劍，整天是幹什麼吃的？全力剿賊，務必全殲。再有差錯，提頭來見！
