鄭玄投馬融門下後，三年不為馬融所看重，甚至一直沒能見到他的面，只能聽其高足弟子們的講授。
儘管鄭玄胸中所藏學識已經遠遠過了馬融的“高足”。但鄭玄謹記先聖的話“三人行，必有吾師”。
他仍舊專心聽講，日夜尋究誦習，毫無怠倦。
有一次，馬融和他的一些高足弟子在一起演算渾天問題，遇到了疑難而不能自解。
有人說鄭玄精於數學，於是就把他召去相見。鄭玄當場很快就圓滿地解決了問題，使馬融與在場的弟子們都驚服不已。
當時馬融最器重品德高尚的盧植，他感慨的對盧植說:“吾等皆不如也。”
自此以後，馬融對鄭玄十分看重，鄭玄便把平時學習中現而未解決的疑難問題一一向馬融求教，對於篇籍的奧旨尋微探幽，無不精研，終得百尺竿頭再進一步。
鄭玄在馬融門下學習七年，因父母老邁需要歸養，就向馬融告辭回山東故里。馬融此時已經感到鄭玄是個了不起的人才，甚至會過自己，他深有感慨地對弟子們說“鄭生今去，吾道東矣！”
從馬融那裡歸來，鄭玄已經四十多歲了。但他已經對百家之學無所不通，天下聞名。
許多人千里迢迢的來投到他的門下，拜他為師，聽他講學。
當時他家裡還很貧窮，便“客耕東萊”，一面種田維持生計，一面教授門徒。
建寧元年，劉宏登基，第二次黨錮之禍隨之到來。
朝廷下詔各州郡查究黨人，凡“黨人”及其門生、故吏、父子、兄弟現居官位者，一概免職禁錮。
鄭玄曾為杜密故吏，又曾受杜密的賞識與提攜，所以也被視為黨人。
鄭玄被禁錮後，絕了仕進之路，便杜門不出，隱修經業，集中全部精力來進行遍注群經的工作，教導弟子。
漢代經學有今古文之分。今古文經不僅經文有所不同，更重要的是其解說和觀點差異甚大。
秦始皇焚書後，漢代有一些老儒生憑記憶背誦出來一些經文，用當時通行的文字隸書記錄並整理出來，叫做“今文經”。
西漢成、哀之世，劉向、劉歆父子校理秘書，現了一部用古籀文字書寫的《春秋左氏傳》，再加上由孔壁所得的《儀禮》、《古文尚書》，和當時尚未立於學官的《毛詩》，便成了古文經的主要經典。研習今文經的，叫今文學派，修讀古文經的，叫古文學派。
隨著時間的遷移，古今經文逐漸水火不相容之勢，展到相互指責、論辯，相攻如仇。
後來，古文經也被立於學官，取得了合法的地位，兩派的鬥爭更加經常和激烈了。
到東漢時，今古文經並行，古文學派的影響迅擴大。鄭玄進入經學界，正是處於今古文學派激烈鬥爭的形勢之下。
鄭玄先後師從第五元先、馬融都屬於古經文派系，按理說鄭玄應該傾向於古經文。
但鄭玄並不專守一師之說，尊一家之言，而是博學多師，兼收幷蓄。
他以自己淵博的學識遍注古文經，注重並不專用古文經學家的釋義，同時也採用了許多個今文經學家的解釋。即以古文為主，兼採今文，擇善而從。
在受禁錮期間，他註釋與著書“幾百餘萬言”，他的註解，被稱為“鄭注”。
鄭注出現以後，原來各守門戶的今文經學與古文經學，便逐漸不再為天下人所信了。
鄭玄在當時不僅集古文經學之大成，而且使古文今文融為一爐，獨創了一個新的學派，世人稱其為“鄭學”。
天下士人轉而崇尚鄭學，使之逐漸成為“天下所宗”的儒學。
縱觀古今，鄭玄在經學展使上做出的貢獻無與倫比。
馬融當初那句話也應驗了，鄭學確實過了他，更過了盧植。
楊賜、陳寔、蔡邕都是舉世聞名大學者，或許在別的方面比鄭玄突出，但在經學方面，鄭玄毫無疑問是第一。因為他是兩漢經學集大成者。
後世將他供奉為二十二先師之列，配享孔廟。
鄭玄帶領一眾弟子，來到陰館地界，自然瞞不過劉凡手下的細作。
陰館、馬邑流民流入太頻繁，間軍校尉王越在兩縣佈置大量細作。防止生“令劉凡不如意”的事情生。
